حضور خلیفه دوم
خلافت ابوبکر بیش از دو سال بطول انجامید ، ولی در پایان حیات خود ، در حالی که شدیداً بیمار گشته بود ، عمر را که قدرت حاکم پشت پرده بود به عنوان جانشین منصوب کرد و حاکم بر جامعه گرداند. تردیدی نیست که ابوبکر بدین جهت عمر را به خلافت برگزید که برای او حقی می دید، زیرا وی تلاش وافری جهت تثبیت و استقرار خلافت ابوبکر انجام داد ابن ابی الحدید در این باره می گوید «عمر بیعت ابوبکر را محکم کرد و مخالفین وی را منکوب ساخت » وی در ادامه نمونه هایی ذکر می کند که مطلب فوق را تأیید می نماید از جمله این نمونه ها : شکستن شمشیر زبیر هنگامی که وی آنرا از غلاف بیرون آورده بود و سپس به سوی سینه مقداد پرتاب کرد ، لگدمال کردن سعد بن عباده در جریان سقیفه ، شکستن بینی حباب بن منذر، تهدید بنی هاشم که در خانه فاطمه اجتماع کرده بودند و بیرون کردن آنها. وی اضافه می کند که اگر عمر نبود بهیچ وجه خلافت ابوبکر تثبیت نمی شد و هیچ کس به هواداری وی بر نمی خاست .
در حقیقت جامعه مسلمین سهمی در انتخاب عمر به عنوان خلیفه نداشت و ابوبکر مردم را به تبعیت از وی فرا خواند و در وصیت نامه خویش که توسط عثمان نوشته شد اعلام کرد : «من عمربن خطاب را بعنوان حاکم بر شما منصوب کردم به او گوش دهید و از او اطاعت کنید » ملاحظه می شود که این تصمیم یک تصمیم شخصی بوده است .
با توجه به روایتهای تاریخی ابوبکر با در نظر گرفتن مخالفتهایی که بعدا خواهد شد ابتدا عبدالرحمان بن عرف را فرا خواند و تصمیم خود را با وی در میان گذاشت و پس از اقناع وی اجازه وی را بچنگ آورد . شخص دومی را که ابوبکر از تصمیمش با خبر ساخت عثمان بن عوف بود مطلب قابل ذکر در اینجا این است که وقتی ابوبکر با هردوی آنها صحبت کرد به آنها گفت که جریان گفتگوها را با کسی در میان نگذارند . 
البته جانشینی عمر برای ابوبکر تقریباً یک امر مسجل بوده و نیاز نبوده که وی مخفیانه به این دو نفر بگوید و ممکن است مشورت او با این دو در خصوص نحوه اجرای این نقشه بوده باشد و این مسأله را توصیه به کتمان کرده باشد بهرحال مضاعف براینکه نفس جریان سؤال برانگیز است این مسأله نیز وجود دارد که چرا ابوبکر ، فقط با ایندو مشورت کرد و دیگران از جمله صحابه بزرگ رسول خدا (ص) را دخیل نکرد؟ جالب توجه است که عبدالرحمن بن عوف از قبیله بنی زهره و عثمان بن عنان از قبیله بنی امیه هر دو از دوستان قدیمی ابوبکر بودند و توسط او نیز مسلمان شده بودند و جزء گروه ابوبکر و عمر بوده و بعدها نیز دیده می شود که جزء شورای شش نفری عمر در می آیند .
بهرحال در صورتی هم که ابوبکر واقعاً نظر مشورتی داشته است متأسفانه با علی (ع) که به قول دکتر نوری جعفر نویسنده مصری اولی به رعایت و حساب از دیگران بود ، مشورت نکرد و این مشخص ترین حق کشی مجدد ، در این جریان بود .
علی (ع) در مقابل این اقدام که غیرقابل انتظار هم نبود چاره ای جز صبر و سکوت نداشت ولی این باعث نشد که این خاطره شوم را که شدیداً با آن مخالف بود فراموش کند ، او سالها بعد روند این جایگزینی را چنین تبیین می کند : «جای بسی شگفتی و حیرت است که ابوبکر در زمان حیاتش (ریاکارانه) فسخ بیعت مردم را درخواست می نمود ، از آنجائیکه می گفت :«مرا رها کنید بهترین شما نیستم» ولی بندهای خلافت را برای بعد از مرگش بسوی دیگری محکم می کرد. این دو نفر (ابوبکر و عمر) پستانهای شتر خلافت را بسختی دوشیدند..... و من شجاعانه در این مدت طولانی و شدت اندوه صبر کردم». 
بخش دوم :فعالیتهای حضرت علی (ع) در دوران خلافت خلیفه دوم 
دوران خلافت عمر همراه بود با بوجود آمدن بدعتهای تازه در دین ، و خلیفه دوم تغییر دادن برخی از احکام شرعی ابائی نداشت مثلا در تقسیم حقوق و بیت المال روش نوینی را در پیش گرفت .
امام علی (ع) در این دوران نیز مانند دوران خلیفه اول انتقادات شدیدی به نحوه حکومت دارای عمر داشت و در برابر این بدعتها ایستادگی می کرد، هرچند عمر سعی بسیار کرد که علی (ع) را در کنار حکومت خود داشته باشد و حتی عمر پیشنهاد فرماندهی سپاه مسلمانان در جنگ با ایرانیان را به علی (ع) داد که با مخالفت حضرت مواجه شد .
اهل سنت دلیل این اقدامات و دوروئی عمر را چنین توجیه کرده اند که : عمر تازه پی به عظمت و بزرگی علی (ع) برده بود و برای جبران ظلمهایی که به حضرت کرده بود قصد داشت به نوعی دل حضرت را بدست آورد . چنان که تمامی علمای اسلام در کتابهای معتبر خود این جمله از عمر را آورده اند که :«لولا علی لهلک عمر» و طبق دستوری گفت : با حضور علی در مسجد هیچ کس حق رأی و فتوا ندارد. با بوجود انتقاداتی که علی (ع) به خلیفه داشت ولی به همان دلایلی که ذکر شد حصرت ود را از صحنه دور نکرد و منافع اسلام و مسلمین را بر احقاق حق خود ترجیح داد و در مواقع مهم و حیاتی حکومت را از بن بست در می آورد و راه را به مسلمین نشان می داد از جمله اقدامات و همکاریهای حضرت در این دوران به چند نمونه اشاره می کنیم .
الف) در سال 21 هجری عمر تصمیم گرفت در جنگ علیه سپاه ایران همراه سربازان اسلام شرکت کند ولی با مشورتی که با علی (ع) انجام داد ، حضرت وی را از این کار برحذر داشت و به عمر فرمود که دشمن وقتی خلیفه مسلمین را ببیند آخرین تلاش را برای نابودی تو و سپاهت انجام خواهد داد .
ب)همچنین شرکت یاران وی چون سلمان فارسی در حکومت و شرکت حسن بن علی(ع) فرزند ایشان در جنگ نهاوند نوعی دیگر از همکاری وی با حکومت بود .
ج)در اجرای حدود الهی عمر دست به دامن حضرت علی (ع) می شد و حضرت با قضاوتهای خود از ضایع شدن حق افراد جلوگیری می کرد و خلیفه را از سرگردانی نجات می داد و عمر در جواب این قضاوتهای حضرت می گفت : «لا عشت فی امته لست فیها یا ابا الحسن » یعنی در میان جمعی نباشم که تو ای ابوالحسن در آن میان نباشی .
از جمله مواردی که حضرت بعد از ناتوانی خلیفه قضاوت کرد می توان به زنی که شش ماهه صاحب فرزند شده بود و همچنین پنج نفری که با هم مرتکب عمل منافی عفت شده بودند و یا زن دیوانه ای که مرتکب عمل منافی عفت شده بود اشاره کرد مورد دیگر زن بارداری بود که اعتراف به گناه کرد خلیفه دستور داد که او را در همان حال سنگسار کنند امام(ع) از اجرای حد جلوگیری کرد و فرمود : تو بر جان او تسلط داری نه به کودکی که در رحم او است .